Para acceder a la base de datos de Wikitaxa existen varias alternativas de búsqueda:
Sección Taxonomía: permite ubicar los contenidos usando su clasificación taxonómica, que va desde los niveles de phylum hasta clase. Para los niveles inferiores a clase y para las especies se deben consultar las respectivas fichas, accesibles al navegar dentro de la taxonomía.
Etiquetas: a todas las fichas se les ha asignado ciertas etiquetas que describen su contenido. Las etiquetas, que se ordenan en una nube tagcloud, permiten acceder directamente a las fichas, usando diversos criterios, como hábitat, biogeografía, origen, nombres comunes, etc.
Una alternativa adicional es la búsqueda visual: en las galerías al final de la clasificación general y de las fichas de grupo del nivel de orden, generalmente se incluyen imagenes de los taxones y especies subordinados, con enlace directo a sus respectivas fichas.
Para acceder a la información taxonómica complementaria se puede consultar sus respectivas secciones (véase detalles más abajo) o seguir las referencias a contenidos individuales en las fichas taxonómicas correspondientes (e.g. cita de claves o láminas comparativas en el subtitulo "reconocimiento" de la ficha taxonómica correspondiente).
Secciones complementarias:
Sección Morfología: reúne información morfológica para diferentes grupos taxonómicos. Estos contenidos generalmente corresponden a imagenes esquemáticas rotuladas, indicando la nomenclatura de las estructuras empleadas en taxonomía.
Sección Claves taxonómicas: recopila claves dicotómicas para la determinación de taxones. Estas claves pueden ser ilustradas, originales o traducidas de la literatura.
Sección Láminas comparativas: reúne sets de imágenes que permiten comparar especies morfológicamente similares o para la fauna chilena en determinados grupos taxonómicos.
Sección Listas de especies: reúne inventarios completos de ciertos grupos taxonómicos.
Sección Colecciones Biológicas: reúne información asociada a especímenes mantenidos en colecciones y fichas de especímenes.
