Molecular

Herramientas bioinformáticas

• BioTools, un buscador de información científica y técnica esencial sobre software, bases de datos y servicios bioinformáticos en ciencias de la vida.
• Evolview: una herramienta para la visualización y edición de arboles filogenéticos.
• Genbank, base de datos del National Center for Biotechnology Information, con información genómica para descargar.
• Phylo.io, una aplicación web para visualizar y comparar arboles filogenéticos. (Una versión actualizada aquí).
• Phylemon2, un sitio que reúne interfaces web para un conjunto de softwares normalmente ejecutados a través de líneas de comandos.
• Swiss Bioinformatics Resource Portal, que contiene herramientas útiles para análisis moleculares.
• Trex-Online, un sitio que reúne diversas herramientas para análisis filogenéticos.

Softwares

• Trimal, un software para recortar secuencias.
• BioEdit 7.2, un software para editar secuencias.
• PhyML 3.0, software para estimar filogenias con máxima verosimilitud.
• DnaSp V6, software para el análisis de polimorfismos de ADN.
• BEAST, bayesian evolutionary analysis sampling trees (software para hacer análisis bayesiano).
• PopArt, software para "Population Analysis with Reticulate Trees".

Delimitación de especies

• ABGD, Automatic Barcode Gap Discovery (de Puillandre et al., 2012).
• ASAP, Assemble Species by Automatic Partitioning (actualización de ABGD de Puillandre et al., 2012).
• GMYC, Generalized Mixed Yule Coalescent. Un manual sencillo se puede leer aquí.
• bPTP Server, una implementación bayesiana del modelo PTP para delimitación de especies.